A estruturação do Código Sanitário de 1894 aconteceu a partir de um diagnóstico de uma situação exemplar vivenciada no bairro de Santa Ifigênia. Foi no ano de 1893 que, a pedido do engenheiro Theodoro Sampaio, diretor do Setor de Saneamento do Estado de São Paulo, de 1890-1903, foi constituída a Comissão de Exame e Inspeção das Habitações Operárias e Cortiços no Distrito de Santa Ifigênia.

Para Theodoro Sampaio as ações do poder público deveriam garantir as obras de saneamento, abastecimento de água e canalização de esgotos e rios, eliminação dos antigos sistemas de fossa e poços d´água, com a finalidade de evitar uma crise de saúde pública com possíveis epidemias de febre amarela e tifo. Para Sampaio, a primeira área que deveria ser considerada era o bairro de Santa Ifigênia, pois na avaliação do engenheiro a topografia, drenagem natural, lençol d´água subterrânea, sistema de esgoto, população densa, residências irregulares e desprovidas de higiene tornavam o bairro um lugar propício para o surto epidêmico.

Faziam parte da Comissão de Exame e Inspeção das Habitações Operárias e Cortiços no Distrito de Santa Ifigênia, instituído em 1893, os médicos Candido Espinheira, que assumiria em 1894 o Hospital de Isolamento e a chefia do Hospital da Santa Casa de Misericórdia, Gregório da Cunha Vasconcelos, um dos fundadores da Sociedade de Medicina e Cirurgia de São Paulo; e Otávio Marcondes Machado, inspetor sanitário do Serviço Sanitário e o próprio engenheiro Theodoro Sampaio.

O alerta do engenheiro se confirmou e logo depois de suas solicitações de avaliação e intervenção no bairro Santa Ifigênia, no mesmo ano, São Paulo sofreu com um surto de febre amarela a partir daquele bairro.

O diagnóstico da Comissão é um documento importante que descreve as condições de moradia dos imigrantes nos bairros populosos que se formavam no entorno do núcleo urbano da cidade.

No diagnóstico foram identificados 60 cortiços, com 1.320 habitantes, de todas as nacionalidades. Um cortiço, conforme a descrição presente no Relatório era uma área no interior de um quarteirão, quase sempre o quintal de um prédio, onde há uma venda ou tasca, um portão lateral dá entrada para a área, por um estreito e comprido corredor que desemboca em um pátio, para este pátio se abrem as portas e janelas de pequenas casas.

O tamanho de cada unidade era de 45 a 63 metros cúbicos. Nos cômodos de dormir e na sala havia assoalho e forração, a sala tinha ventilação natural, janela e porta. No cômodo dos fundos, sem assoalho ou forro, havia um fogão e uma chaminé que funcionava mal. O interior das casas era enegrecido de fumaça, em sua maioria eram sujos, com presença constante de moscas, o cômodo de dormir não tinha luz nem ventilação e excedia ao número de pessoas recomendadas pela Comissão. Na área externa ficavam as latrinas coletivas, mal equipadas, não havia sarjetas para drenagem da água empoçada e os poços eram contaminados.

Havia também as casinhas de porta e janela para a rua, cuja organização era muito parecida com as dos cortiços; os hotéis-cortiços que eram pequenos dormitórios ocupados por operários sozinhos; sobrados subdivididos ocupados por várias famílias; os quartinhos de fundos de vendas e tascas. Todos insalubres.

As propostas de intervenção nas formas de moradia da população foram logo incorporadas ao Código Sanitário de 1894. Entre as medidas estavam a proibição de construção de novos cortiços, os dormitórios deveriam ser fiscalizados pela polícia e pelas autoridades sanitárias

Para os cortiços eram sugeridas reformas de adequação, com as seguintes recomendações: área livre acimentada, elevada do nível da rua, ralo de escoto para cada trinta metros de superfície, sistema de esgoto para as latrinas e uma latrina para cada seis casas, proibição de instalação de latrinas sem serviço de água, água canalizada para uso doméstico, uma torneira e um tanque para cada grupo de seis casas e os poços deveriam ser eliminados, pé direito de 3,5, a 4 metros, extinção da alcova, elevação do assoalho, caiar, proibição de uso de papel para forro. Foi instituído também um livro de controle das casas e seus habitantes. Os cortiços condenados pela inspeção eram desocupados, o proprietário era intimado a reformar ou demolir e poderia ser desapropriado por questões de utilidade pública e em seguida demolido.

Há recomendações para o recobrimento do chão e paredes, equipamento para latrinas, recomendação de construção de casas coletivas fora do núcleo urbano, internatos, quartéis e prisões deveriam possuir jardins e pátios internos, proibição de usos de porões em moradias, proibição de construção de novos cortiços, estabelece-se padrões para a construção de vilas operárias, e a possibilidade de demolição de estabelecimentos em caso da impossibilidade de recuperação.

As moradias caras e mal construídas dos imigrantes que estabeleciam residência na cidade de São Paulo, em bairros próximos às estações de trem eram, como vimos, extremamente precárias, e eram identificadas com as fragilidades da saúde e ao risco epidêmico.

Diante da precariedade, os imigrantes também procuraram se organizar, criando redes de assistência mútua, algumas delas acabaram por se concretizar em hospitais como o Hospital Samaritano; o Hospital Umberto Primo; o Hospital Espanhol entre outros que se estabeleceram em São Paulo no decorrer dos anos, imprimindo a identidade de origem em sua concepção e prestando assistência aos que vinham de longe, primeiramente, mas também para a população em geral.

A articulação entre Estado, filantropia e assistência em São Paulo na virada do século XIX para o XX foi fundamental para criar uma rede de intervenção, prevenção, atendimento e tentativa de controle das doenças e epidemias. Estiveram diretamente envolvidos nesse movimento o Estado, entidades religiosas, segmentos econômicos como os cafeicultores e os novos grupos em ascensão.

A caridade, característica das ações iniciais da Santa Casa de Misericórdia, por exemplo, em que o Hospital era um espaço de recolhimento e isolamento de doentes, sem muitas possibilidades de intervenção e cura, vai sendo substituída pelo atendimento especializado dos médicos-cientistas que estavam sendo formados no país e que participavam tanto da implantação de novos serviços de saúde como das políticas públicas, da pesquisa e do ensino em medicina. Assim como toda a intervenção urbana passava a se basear nas novas teorias científicas e técnicas em pleno florescimento.