As casas nas colônias das fazendas eram pouco confortáveis, a alimentação composta por cereais, carne-seca e carne de porco era muito diferente da que os imigrantes estavam habituados. O clima quente, tido como insalubre, era oposto ao clima ameno europeu, a longa jornada de trabalho, a ausência de escolas e igrejas e o alto custo e a dificuldade de obter assistência médica eram as principais reclamações.

Os agricultores gastavam boa parte das suas economias com médicos e farmácia. A visita médica na fazenda mais os medicamentos equivalia a um hectare de terra ou à remuneração do colono pelo cuidado de mil pés de café, e eram poucos os médicos no interior. A assistência médica era uma reivindicação recorrente dos colonos, chegando a constar em alguns contratos o atendimento médico periódico, mediante pagamento de taxas mensais.

Neste período aconteceram as epidemias de varíola, em 1878, de febre amarela em 1880, peste bubônica em 1890, gripe espanhola em 1918, febre tifóide em 1920 e 1925. Havia ainda as doenças endêmicas que atingiam em cheio os imigrantes como o tracoma, ancilostomíase e a malária.

Foi um momento de estruturação dos serviços e de políticas públicas para o enfrentamento dos problemas de saúde da população, com vistas a garantir o projeto de país. As associações de socorro-mútuo criadas pelos imigrantes para oferecer diferentes tipos de assistência surgiram pela iniciativa de grupos de acordo com a nacionalidade e, algumas delas, tinham como principal preocupação a assistência à saúde.

Os principais investimentos partiam do entendimento que se tinha no período sobre a forma de transmissão das doenças epidêmicas. A compreensão era de que as epidemias eram decorrentes do ambiente, mais precisamente dos odores exalados por matérias orgânicas em decomposição (muitas vezes devido às condições sanitárias ruins), presentes em solo ou subsolo úmidos, onde se reproduziam. Esses odores eram conhecidos como miasmas, que estariam associados ou não aos micróbios.

Essa concepção, quando do processo de adensamento populacional das cidades, esteve associada às melhorias urbanas no período republicano brasileiro. Era preciso reordenar a cidade e mudar os hábitos da população para evitar que a atmosfera contaminada continuasse a ceifar vidas com a propagação das doenças.

Assim, mesmo não sendo uma teoria estritamente correta cientificamente falando, a articulação entre ambiente e doença possibilitou a consolidação de algumas medidas higiênicas que contribuíram para o controle de enfermidades por meio de uma organização sanitária.

Entre as medidas implementadas na urbanização das cidades estiveram presentes as necessidades de: construção de redes de água e esgoto; recolhimento regular de lixo, arruamento, canalização, drenagem de córregos, mudança de cemitérios e matadouros de animais para locais distantes das áreas residenciais e comerciais das cidades; normatização para construção de casas e edifícios, com imposição de janelas em todos os cômodos, definição de altura mínima entre o chão e o teto, obrigatoriedade de porão em terrenos úmidos e eliminação de alcovas.

Eram utilizados também produtos antissépticos como o cloro, pois se acreditava que tinham a capacidade de destruir os miasmas e purificar os ambientes. Outra preocupação foi com a água, que deveria ser inodora, e passou-se a utilizar a fervura para eliminar os maus odores.

Assim, por meio do controle e combate às fontes dos cheiros putrefatos acabavam por diminuir boa parte das doenças transmissíveis.

Outro entendimento sobre a forma de transmissão das doenças epidêmicas era a ideia de contágio pelo contato físico, pelo toque, que provocava reações de medo e de rejeição ao doente. Entendia-se que cuidar, tocar em roupas e objetos de doentes ou mortos também contaminava.

Na prática, as duas teorias se diferenciavam na forma de controle: a dos miasmas centrava-se nas intervenções urbanas, buscando um controle ambiental, e a do contágio centrava-se nas quarentenas e no isolamento.

A grande pergunta que inquietava os pesquisadores do período era o que provocava a doença e como ela se disseminava. Com o desenvolvimento dos estudos sobre os micro-organismos, a medicina obteve um embasamento científico capaz de explicar de maneira assertiva essa questão central.