Além da desinfecção de roupas, objetos, bagagens já efetuados na Hospedaria, o engenheiro Theodoro Sampaio, então funcionário do serviço sanitário estadual, a partir de observações sistematicamente registradas dos acontecimentos, estabeleceu o elo que vinculava os imigrantes, as ferrovias e a febre amarela: o café.

As fazendas eram formadas, logo depois chegava um grande número de trabalhadores imigrantes, transportados pelas linhas férreas e, quase simultaneamente, a região era alcançada pela febre amarela.

Como medida de controle foram instaladas estufas nas estações ferroviárias para a desinfecção de roupas e bagagens. Os objetos que não pudessem passar por esse procedimento eram usados pulverizados com produtos químicos de desinfecção. Eram frequentes também o isolamento e a vigilância de passageiros que vinham de locais epidêmicos.

Em novembro de 1895, por exemplo, quando ocorreu uma grande epidemia na região de Araraquara, o Serviço Sanitário interrompeu a comunicação ferroviária entre dois trechos, proibindo baldeações de passageiros e de cargas. Foi instalada uma estação de desinfecção de bagagens em Araraquara, e era solicitada a listagem de passageiros provenientes daquela cidade, procurando evitar que a doença se instalasse nas demais cidades da região. Não bastando essas medidas foi solicitado à Companhia Paulista que reservasse um vagão de trem exclusivo para os passageiros que embarcavam em Araraquara. O vagão seria mantido fechado durante toda a viagem para evitar o contato entre as pessoas potencialmente atingidas pela febre amarela e os passageiros dos demais vagões.

Na epidemia de cólera de 1894 o governo brasileiro interrompeu o tráfego ferroviário entre São Paulo e Rio de Janeiro para evitar a propagação da doença. Foi determinado também que a saída do estado de São Paulo para o Rio de Janeiro estava proibida sem um passaporte sanitário; assim, estava vedado o comércio de alguns gêneros alimentícios como a carne, leite, toucinho e queijo. Os passageiros que embarcavam das cidades atingidas pela epidemia como Guaratinguetá, Cachoeira, Cruzeiro e Queluz, no vale do Paraíba, tinham que ser descontaminados juntamente com a suas bagagens antes de subir no trem.

As críticas a esses procedimentos foram enormes devido ao prejuízo comercial.

Todas essas medidas foram vãs devido ao desconhecimento da etiologia das doenças, ou seja, não se sabia com certeza como acontecia a transmissão e, no caso da febre amarela, apenas em 1902, com a confirmação de que a doença era transmitida por um vetor, o mosquito, é que foram alterados os meios de combate e controle da doença.

A febre amarela atingiu todos os setores das localidades afetadas. Além dos imigrantes, muitos ferroviários também faleceram, colocando em risco o funcionamento da própria ferrovia. A Companhia Paulista chegou a oferecer alguns benefícios financeiros para os empregados, com a finalidade de conter a evasão dos postos de trabalho devido ao pânico causado pela proximidade com o adoecimento e a morte causados pela epidemia.

A dinâmica que envolve imigrantes, comunicação ferroviária, descolamentos de vetores e doentes conta a história da saúde nesses primeiros anos da chegada e assentamento dos imigrantes no Estado de São Paulo.