A Hospedaria acabou por se configurar em um espaço propício para o desenvolvimento de epidemias de doenças já existentes no país, e também das trazidas da Europa, como a peste ou a cólera.

Em 1888, ano da inauguração da Hospedaria, aconteceu nas suas dependências um surto de febre amarela, culminando na morte de muitos imigrantes italianos. O fato teve repercussão na Itália, disparando um sinal de alerta para os perigos da emigração para São Paulo.

A Hospedaria tornou-se, em certa medida, um núcleo irradiador de epidemias, principalmente levando em consideração que os imigrantes partiam dali para o interior do estado, levando consigo os agentes causadores de doenças.

Seguindo a rede ferroviária já bem instalada em 1890, é possível identificar as cidades do interior do estado primeiramente atingidas por grandes epidemias. A febre amarela e a varíola, por exemplo, disseminaram-se rapidamente pelas principais regiões produtoras de café: Central, Mogiana e Paulista. Os rastros das doenças seguiam as populações que, muitas vezes, abandonavam as cidades com surtos mas, sem saber, levavam consigo os vírus, para onde fossem.

As epidemias, os problemas sanitários do país, os acidentes ofídicos e o bicho-de-pé, estes últimos estranhos aos europeus, eram uma contrapropaganda para os interesses dos cafeicultores de atrair mão de obra para o país.

Era necessário controlar esse problema, sob o risco do aumento de mortes e de perda da mão de obra escolhida para o desenvolvimento da economia.