Iniciou suas atividades em 1880 como Hospital dos Variolosos, criado por iniciativa da Câmara de Vereadores de São Paulo, após um surto epidêmico de varíola ocorrido em 1878. A construção do hospital era a resposta a um problema que se arrastava por décadas. No início de suas atividades, o estabelecimento contava com apenas um pavilhão e atendia exclusivamente doentes de varíola, com o objetivo de proteger as pessoas saudáveis por meio do isolamento e da quarentena dos atingidos pela doença.

É considerado o primeiro hospital construído com recursos e por iniciativa do poder público em São Paulo, em um momento de crescimento urbano e de surtos epidêmicos. O local escolhido para a construção foi a antiga Estrada do Araçá, que então ficava distante dos núcleos populacionais. Foi construído entre os anos de 1876 e 1880, sendo o projeto de Ignácio Wallace da Gama Cochrane. Nos primeiros anos, o hospital era acionado apenas em momentos de surtos e epidemias.

Com a República, o Estado de São Paulo criou o Serviço Sanitário, que assumiu a gestão do estabelecimento em 1894. A partir daí, suas funções e estrutura são ampliadas, transformando-se no Hospital de Isolamento do Estado de São Paulo, para atender a população atingida pelas epidemias e pelas doenças transmissíveis. Essa nova atuação já trazia consigo influências de algumas das novas concepções da área médica, articulada com outras instituições recém-criadas, como o Instituto Bacteriológico, construído ao lado, o Instituto Soroterápico Butantan, o Desinfectório Central.

O hospital tornou-se referência em doenças contagiosas e os novos pavilhões continuaram a trabalhar com a lógica do isolamento, ventilação e iluminação em todos os cômodos, com a finalidade de impedir a propagação de miasmas compreendidos como propagadores de doenças. Havia um cordão de isolamento dos doentes para manter os funcionários afastados: só podiam avançar o cordão o médico encarregado, o diretor do hospital e a enfermeira-chefe.

O Pavilhão 1 era dedicado à difteria, o Pavilhão dois era divido em duas alas: uma para a febre tifóide e outra para a febre amarela. Cada ala possuía uma enfermaria para homens e outra para mulheres, com anexos para os casos graves e para os pacientes agonizantes. O Pavilhão 3 era destinado à escarlatina, o Pavilhão 4 aos pacientes de varíola, que diminuíram muito em função da vacinação obrigatória, sendo utilizado também para pacientes com peste bubônica. Já o Pavilhão 5 era o de “classe”, destinado às pessoas de posse que tivessem que ser acompanhadas, com possibilidade de acomodação paga para a família inteira.

No próprio hospital havia um desinfectório, um necrotério e um forno de incineração. Os pacientes, em sua maioria, eram transportados pela equipe do Desinfectório Central, que ia até a residência dos doentes e os removia para atendimento no hospital. Somente os funcionários do Desinfectório e os médicos poderiam ter algum contato com os doentes, que deveriam ser, assim que notificados, isolados dos demais. As roupas, os objetos e até as casas dos doentes eram desinfectados, fumigados e ou incinerados.

Foi no Hospital de Isolamento que aconteceu, em 1902, a experiência que confirmaria para a comunidade científica brasileira que a febre amarela era transmitida por um mosquito – um dos fatos mais importantes da história da saúde no Brasil. A experiência foi conduzida pelos médicos Emílio Ribas, diretor do Serviço Sanitário de São Paulo, e por Adolfo Lutz, diretor do Instituto Bacteriológico, com base nas teorias defendidas em Havana (Cuba), um ano antes.

Atentos às discussões no cenário internacional e com larga experiência no combate à febre amarela no Brasil, os médicos organizaram o experimento da seguinte maneira: submeteram-se às picadas de mosquitos infectados; mantiveram três imigrantes italianos voluntários, recém-chegados ao Brasil, em um quarto vedado, com estufa para que permanecesse quente, em contato com lençóis e roupas manchadas por sangue e vômito de doentes infectados por febre amarela, por um período de 10 dias. A confirmação de que apenas o mosquito transmitia a doença revolucionou a forma de profilaxia da febre amarela, sendo, a partir de então, o combate ao mosquito uma prioridade para os serviços de desinfecção. A ação foi rapidamente adotada pelos serviços públicos de saúde.

Em 1932, o Hospital de Isolamento passou a se chamar Hospital Emílio Ribas, em homenagem ao Diretor do Serviço Sanitário do Estado entre os anos de 1892 e 1917. Em 1962, é inaugurado um novo edifício com nove pavimentos para ampliação dos leitos. Nos anos seguintes, o Emílio Ribas teve um papel determinante na identificação e no acompanhamento de doenças infectocontagiosas em todo o país. Acompanhou e atendeu o surto de meningite em 1973, com a inauguração de uma Unidade de Terapia Intensiva (UTI), e nos anos de 1980 e 1990 tornou-se um centro de referência para o atendimento de portadores de HIV, consolidando-se com uma unidade de ponta para a prevenção e controle de epidemias de doenças infectocontagiosas.