Febre amarela, varíola, tuberculose, hanseníase, peste bubônica, cólera, diarreia, verminoses, leishmaniose e as chamadas “febres paulistas” – eram as causas de morte mais recorrentes. Os sintomas muitas vezes nominavam as próprias doenças, ainda não identificas e descritas.

As pessoas acometidas por esses males tinham pouca expectativa de recuperação e acabavam encomendando uma “boa morte”, ou contavam com a intervenção divina para aplacar o sofrimento. Em época de epidemia acontecia, por exemplo, uma grande procissão no núcleo urbano de São Paulo, em que se trazia a imagem da Nossa Senhora da Penha, do bairro da Penha, para um ato de fé sincrético, envolvendo toda a população.

Santos, orações, benzeduras, promessas, procissões, passes, esconjuros, mezinhas, elixires, simpatias, bolsas de mandinga eram alguns dos recursos utilizados para recuperar a saúde. Importante assinalar a influência das práticas medicinais indígenas e africanas junto às portuguesas, evidenciando processos de troca cultural como recursos para preservação da saúde.

A medicina, no período, era também muito precária e existiam poucos profissionais da saúde em São Paulo. As causas das doenças e, portanto, seu combate e controle eram desconhecidos e a base científica se desenvolvia sob outras premissas relacionadas a fenômenos cósmicos, atmosféricos ou astrológicos. Mais tarde, com a prevalência das teorias neo-hipocráticas, que perduraram até a segunda metade do século XIX, os “vapores” que emanavam da terra, da água, de matérias putrefatas ou de corpos doentes, eram considerados os principais fatores desencadeadores de doenças. Os maus ares, por exemplo, segundo se acreditava, poderiam causar vários tipos de febres e surtos epidêmicos.

Durante os surtos de doenças contagiosas, a principal medida era o isolamento dos doentes em quarentena em locais afastados dos núcleos populacionais. As pessoas abandonavam as cidades e esperavam os surtos atenuarem para voltar. O hábito medieval de enterrar os mortos nas Igrejas continuava, mas com medidas profiláticas como jogar cal sobre os cadáveres antes do sepultamento. Outro hábito de longa duração era o combate ao mau cheiro, pois acreditava-se que eram responsáveis pela transmissão de doenças. Incensar os ambientes com ervas aromáticas, temperos e substâncias balsâmicas eram consideradas medidas preventivas. Fumigação de alfazema, resina, enxofre ou breu eram comuns.

Os hospitais existentes durante todo o Brasil Colônia e Império eram poucos. Destacavam-se as Santas Casas de Misericórdia, os Hospitais Militares e algumas instituições beneficentes.